Dalam sebuah diskusi zoom bersama mahasisawanya senin 1 Oktober 2021 menyebut Asy'ariyah mengalami kemunduran dan NU merupakan yang paling banyak penganutnya, dia membandingkan dengan Muhammadiyah yang menurutnya lebih NKRI
NU itu merasa NKRI, tetapi tidak ada dia bangun kampus di tengah-tengah orang Kristen, sementara Muhammadiyah itu membangun Universitas di Maluku, di Ambon, di NTT yang mayoritas Kristen bahkan di Papua. Sekolah Muhammadiyah dari TK sampai perguruan tinggi juga ada," katanya.
Menanggapi video viral tersebut, Zubair mengaku telah berbicara hal tersebut kepada mahasiswa UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Dia juga meminta maaf kepada seluruh pengikut NU dan Muhammadiyah yang telah tersinggung akibat perkataannya tersebut.
Zubair menyebut bahwa pernyataan dirinya itu merupakan wujud kebebasan berekspresi dalam berakademik.
"Maksud saya sama sekali bukan untuk menyinggung perasaan, tetapi cara saya mengajak mahasiswa berpikir kritis. Mohon maaf jika metode saya kurang bijak. Terima kasih, demikian klarifikasi dan permohonan maaf saya," katanya.
